《国务院组织法》于1982年12月10日颁布实施，至今已超过32年，随着形势的发展，这一重要法律也暴露出诸多的问题，亟待通过修法加以解决。除了一些专家学者已提出有关国务院职责权限、国务院与全国人大及地方政府关系、领导体制等需要明确的问题外，实践中还发现一些问题：

　　1.《国务院组织法》对国务院部门和机构的数量没有限制。2013年国务院机构改革后，国务院组成部门减少至25个，直属机构正部级机构8个，副部级机构7个，机构数量仍然明显偏多。众多的部门设置在实践中引发了部门职能交叉、管理层次增多、财政负担沉重、行政效率低下等诸多问题。

　　2.副秘书长职数不受限制。《国务院组织法》第7条第2款规定：“国务院设副秘书长若干人，协助秘书长工作。”由于职数无限制，2013年国务院副秘书长职数高达10名。一些地方政府也纷纷设置数量众多的副秘书长职位，个别地方的副秘书长职位数量甚至达到了20个。

　　3.部门负责人副职数量超编严重。《国务院组织法》第9条第1款规定：“各部设部长一人，副部长二至四人。各委员会设主任一人，副主任二至四人……”其中关于各部门副部长、副主任的数量限制在实践中形同虚设，根据近期政府门户网站公布的22个国务院组成部门副职的统计，有16个部门超过了规定的最高限额，其中发改委、人社部、公安部、卫计委副职数量甚至超出一倍，这还未将各部委的纪检组长和党组成员包括在内。

　　4.对各部委司局级内设机构的设立没有明确规定，导致机构数量普遍过多，有的司局级内设机构数量甚至超过30个。

　　5.对各部委司局级领导职数无限制，导致司局级领导职数占部门行政编制的比率过高，造成行政效率降低。

　　6.对准副部级领导职务设立没有明确规定。《国务院组织法》并未设置部长助理职位，但不少部委越权设置部长助理的领导职务。

　　7.直属机构的设置缺乏明确规定。《国务院组织法》第11条规定：“国务院可以根据工作需要和精简的原则，设立若干直属机构主管各项专门业务……”据此，国务院有权自行决定是否设立直属机构、设置什么直属机构及多少个直属机构，随意性较大，缺乏制约。